آزمایشگاه باقرالعلوم در محله احمد آباد مشهد و در خیابان کوهسنگی،خیابان عارف واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بیمارستان هفده شهریور و زایشگاه و بیمارستان مهر و بیمارستان امید و زیست خاور و بیمارستان قائم (عج) قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه مترو قائم و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس قائم می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.