آزمایشگاه خانی آباد در محله خانی آباد شمالی تهران و در خیابان میعاد،خیابان خاکپور واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند ساختمان مدیریت میدان مرکزی میوه و تره بار شهرداری تهران و درمانگاه شبانه‌روزی خانی آباد نو و بیمارستان مفرح و شهرداری منطقه ۱۹ تهران و دانشکده فنی و حرفه ای دختران دکتر شریعتی قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس بزرگراه می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۵ از ۵ را به این مکان داده‌اند.