امام زاده یحیی در محله مراد بیگ بابل و در خیابان سبزه میدان،خیابان فرهنگ پنجم واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند موزه گنجینه بابل و آزمایشگاه پاتوبیولوژی و ژنتیک رازی و فرمانداری ویژه شهرستان بابل و بیمارستان شهید بهشتی و پاساژ شهریار قرار گرفته است.