بخش پاتولوژی بیمارستان آیت الله کاشانی در محله خزانه تهران و در فلکه دوم بخارایی خیابان امیر غربی پلاک 27 واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند جایگاه سوخت ابریشم شماره ۲۵۲ و پایانه تاکسی مترو ترمینال جنوب و بیمارستان آیت‌الله کاشانی و رستوران جوان هنرور۱ و پمپ بنزین - بنزین سوپر غفاری شماره ۲۶۴ قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه مترو شهید بخارایی و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس فلکه دوم خزانه می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۳ از ۵ را به این مکان داده‌اند.