بیمارستان امیر در محله یوسف آباد تهران و در خیابان ابن سینا خیابان شرافت واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بیمارستان تهران کلینیک و آزمایشگاه ویروس شناسی کیوان و بیمارستان حضرت فاطمه (س) و بیمارستان محب کوثر و مرکز واکسیناسیون بیمارستان محب یاس قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه مترو میرزای شیرازی و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس شهید بهشتی می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.