بیمارستان باهر در محله شیخ هادی تهران و در خیابان جمهوری اسلامی،خیابان شیخ هادی،خیابان امینی واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بازار چارسو و بازار موبایل ایران و مرکز واکسیناسیون بیمارستان سینا و پاساژ علاءالدین و ساختمان آلومینیوم قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ورودی شمالی مترو میدان حسن آباد و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس جامی می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۴ از ۵ را به این مکان داده‌اند.