داروخانه مهر در محله بوعلی سینا همدان و در میدان ابوعلی سینا،خیابان بوعلی سینا واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند هتل و رستوران پارسیان بوعلی و آرامگاه بوعلی سینا و رستوران شاندیز حاجی و بیمارستان فرشجیان و بازار سنتی همدان قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس شهرک مدنی فاز ۱ می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.