زورخانه خواجه خضر در محله خواجه خضر یزد و در میدان امام رضا،خیابان امام خمینی واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بازار خان و بیمارستان رهنمون فرخی و مجموعه امیر چخماق یزد و هتل داد و داروخانه شبانه‌روزی شهید چمران قرار گرفته است.