ساختمان پزشکان اطلسی در محله صفائیه یزد و در میدان جانباز کوچه عدالت ۳ واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند پارک آزادگان و هتل فرهنگیان صفاییه یزد و هتل پارسیان صفائیه و سیتی سنتر و کرنوپیچ قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس آزادگان می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.