مسجد المهدی آذربایجان در محله امام خمینی صومعه‌سرا و در خیابان برزو،خیابان مطهری واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند مجموعه ورزشی تختی صومعه سرا و گالری ساعت ظریف و دفتر پیشخوان خدمات دولت مشهور و مسجد حضرت ولیعصر و کباب سرای صدری قرار گرفته است.