مسجد الزهرا در محله رجایی خرمشهر و در میدان مقبل،بلوار مقبل واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بازار بزرگ امام رضا و اداره کل گمرک خرمشهر و هتل چهار ستاره رویال و درب گمرک بندر خرمشهر و آژانس دوستی قرار گرفته است.