مسجد المهدی در محله باغ خزانه تهران و در خیابان تهمتن خیابان مهدی لو پلاک 19 واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند مرکز واکسیناسیون سلامت میثم و مرکز واکسیناسیون مجموعه ورزشی الزهرا (بریانک) و امامزاده معصوم و مرکز پست امامزاده معصوم دوراهی قپان و جایگاه CNG کیان((دو راهی قپان)) قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه مترو بریانک و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس پمپ بنزین می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.