مسجد امام حسن در محله نعیم آباد یزد و در بلوار مدرس،بلوار دانشجو واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بیمارستان مرتاض یزد و آرایشگاه زنانه میخک طلایی و بوستان هفت تیر و رستوران نگین و خانه معلم شهید دادرس قرار گرفته است.