مسجد امام حسین در محله بازار تهران و در خیابان مولوی،خیابان ورزشگاه واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بیمارستان شهید اکبر آبادی و بازار مولوی و پاساژ روحی و رستوران مسلم و کافه رستوران وکیل التجار قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ورودی جنوبی مترو مولوی و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس سعادت می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.