مسجد امام حسین در محله مطهری ملایر و در خیابان سی و دو متری،خیابان مطهری هجدهم واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بازار مبل و صنایع چوب ملایر و پارک چمران و فست فود مادر خوب و رستوران شقایق ۲ و رستوران مادر خوب قرار گرفته است.