مسجد امام حسین در محله ولی عصر ملایر و در بلوار بسیج،خیابان سیفیه واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بازار مبل و صنایع چوب ملایر و رستوران برادران ملایر و فروشگاه لاستیک ترکاشوند (آقای ابوذر ترکاشوند) و سوپرمارکت مهراد و نانوایی لواش شاطرمنصور قرار گرفته است.