مسجد امیرالمؤمنین در بندر کنگان و در خیابان وحدت واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند جایگاه CNG شهرداری کنگان و داروخانه حاجیانی و فرمانداری شهرستان کنگان و داروخانه شبانه‌روزی دکتر شفیعی و اقامتگاه بوم‌گردی آهید قرار گرفته است.