مسجد باقرالعلوم در محله مرتضی آباد نیشابور و در بلوار جهاد،خیابان مسیح واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند کفاشی شیرازیان و داروخانه دکتر شریعت نیا و ساندویچ مستر غول و بیمه ملت نوروزی و شرکت فنی مهندسی سام گستر لپ تاپ و کامپیوتر کار کرده قرار گرفته است.