مسجد بقیه الله در محله شهرقائم قم و در بلوار کبیری واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند کلانتری شهرقائم و نانوایی سنگک رمضانی و سلفون کشی یزدیان و بازار مبل کاسه گران و فروشگاه افق کوروش قرار گرفته است. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۵ از ۵ را به این مکان داده‌اند.