مسجد توحید در محله گمرک تهران و در خیابان ولیعصر،خیابان مختاری واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند گمرک و بیمارستان پارسا و بازار انبار نفت و مرکز واکسیناسیون شهید امامی و بیمارستان بهارلو قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه مترو راه آهن و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس مختاری می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.