مسجد جامع فسقندیس در اسکو و در خیابان چایکنار واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند پارک فسقندیس و دبیرستان نمونه دولتی المهدی و باغچه سنتی و رستوران شاندیز قرار گرفته است.