مسجد خاتم النبیین در محله هاشم آباد تهران و در خیابان خاتم النبین واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند ضلع جنوبی حرم شاه عبدالعظیم حسنی (ع) و بیمارستان تخصصی و فوق تخصصی فیروزآبادی و حرم مطهر حضرت شاه عبدالعظیم حسنی (ع) و پمپ بنزین شهرری ۲۵۱ و مجتمع فنی نسل نواندیش قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه متروی حرم حضرت شاه عبدالعظیم حسنی (ع) و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس مسجدالرضا می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد.