مسجد دانشگاه علوم پزشکی در یاسوج و در خیابان امت واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند مرکز ام ار ای کوثر یاسوج و مجتمع گردشگری ، اقامتی و ورزشی بویرلند و پارک ساحلی و اورژانس بیمارستان امام سجاد و باشگاه آنیل قرار گرفته است.