مسجد سید الشهدا در محله فجر ساوه و در خیابان هجده متری عمار،خیابان فازسه واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بیمارستان تخصصی و فوق تخصصی حضرت فاطمه و مرکز جراحی محدود دی و سوپر مارکت امینی و بام ساوه و حوزه علمیه امام جعفر صادق قرار گرفته است.