مسجد شهدا باغستان در محله باغستان کرج و در بلوار امام خمینی،خیابان ملک لی واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند هایپرمی و زندان رجایی شهر و میوه فروشی حاتمی و اداره پست و فروشگاه امیران قرار گرفته است.