مسجد علی ابن ابی طالب در محله بنیاد قم و در خیابان ذوالفقار،خیابان پنجم واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند بوستان گلباران و مسجد چهارده معصوم و فروشگاه سبزیجات فلفلی و عمارت سنا و مركز ناباروری جهاد دانشگاهی قرار گرفته است.