مسجد فاطمه زهرا در بندر دیر و در میدان غدیر،بلوار معلم واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند پارک ساحلی بندر دیر و باشگاه بدنسازی تختی و عکاسی لحظه‌ها و هایپر وارش و تاکسی کالو قرار گرفته است.