مسجد محمد رسول الله در محله گمرک تهران و در خیابان رباط کریم،خیابان سعید خطیب،خیابان منتظری واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند گمرک و بیمارستان پارسا و بازار انبار نفت و مرکز واکسیناسیون شهید امامی و بیمارستان بهارلو قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ورودی ۲ مترو راه آهن و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس پایانه معین می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۵ از ۵ را به این مکان داده‌اند.