مسجد امام هادی علیه السلام در محله مرزداران ملایر و در جاده سلامت،خیابان آفتاب واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند پزشک قانونی ملایر و مینی ورلد ملایر و پارک ملل و هتل باران ملایر و میوه فروشی عمو علی قرار گرفته است.