مسجد نظام مافی در محله جنب آباد جنوبی تهران و در خیابان کاشانی، بعد از سه راه جنت آباد واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند فرمانداری تهران و مرکز خرید سمرقند و ورزشگاه شهید درفشی فر و بازار میوه و تره بار جنت آباد(نگین‌غرب) و مرکز بهداشت سازمان برنامه قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس شهید محرابی می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۵ از ۵ را به این مکان داده‌اند.