مسجد پنبه چی در محله قلمستان تهران و در خیابان ولیعصر،خیابان آقازاده واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند گمرک و بیمارستان فوق‌تخصصی پوست رازی و فرهنگسرای رازی و بیمارستان فارابی و بيمارستان فوق تخصصي چشم فارابي قرار گرفته است. نزدیکترین ایستگاه مترو به این مکان، ایستگاه مترو مهدیه و نزدیکترین ایستگاه اتوبوس به این مکان، ایستگاه اتوبوس مولوی کد 4701 می‌باشد که دسترسی به این مکان را برای کاربران حمل‌ونقل عمومی آسان می‌سازد. همچنین در برنامه بلد کاربران امتیاز ۴ از ۵ را به این مکان داده‌اند.