مسجد امام خمینی (ره) در شهرک آیت الله مدنی همدان و در شهرک آیت الله مدنی واقع شده است. از لحاظ موقعیت جغرافیایی این مکان در نزدیکی مراکزی مانند مدرسه راهنمایی رضوانیان و استخر کارگران و بیمارستان تأمین اجتماعی آتیه و نانوایی سنگکی ولیعصر و عطاری رضوی قرار گرفته است.